Barcelona acull per primera vegada el congrés internacional de la comunitat d’usuaris i desenvolupadors de Bioconductor

Per primera vegada en els seus 25 anys d’història, la comunitat d’usuaris i desenvolupadors de Bioconductor –un dels programaris de codi obert més àmpliament utilitzats per analitzar dades biològiques de manera precisa i reproduïble– ha celebrat la seva trobada a Barcelona. La Conferència Europea de Bioconductor (EuroBioC2025), organitzada per la European Bioconductor Society en col·laboració amb el Departament de Medicina i Ciències de la Vida (MELIS) de la Universitat Pompeu Fabra i ISGlobal, ha tingut lloc a l’auditori del Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona del passat dimecres, 17 de setembre al 19 d’aquest mes.

“Bioconductor és un programari de codi obert perquè, des del punt de vista científic, no podria ser d’una altra manera. La comunitat científica necessita accedir al codi i entendre com s’han analitzat les dades. L’èxit de Bioconductor es basa en el fet que, al voltant d’aquest programari, hi ha una comunitat molt àmplia i activa d’investigadors experts en diverses àrees de la bioinformàtica que han desenvolupat col·laborativament més de 2.000 paquets de programari per facilitar l’anàlisi de dades en biologia i biomedicina. Per això l’abast d’aquest programari és immens i ajuda a aplicar els principis de ciència oberta a la recerca, fet que permet accelerar el progrés científic”, comenta Robert Castelo, director del Grup de Genòmica Funcional del MELIS-UPF i organitzador de l’EuroBioC2025. 

La trobada ha comptat amb més de 30 xerrades, la majoria a càrrec d’alguns dels més de 1.000 desenvolupadors de Bioconductor que han compartit i ofert el seu coneixement a la comunitat, així com tallers pràctics, sessions de presentació de pòsters i “flash talks”. També ha parlat Vince Carey, catedràtic de Medicina a la Facultat de Medicina de Harvard i director del projecte Bioconductor.

“Bioconductor no només ha facilitat l’anàlisi rigorosa i transparent de dades complexes, sinó que també ha contribuït a democratitzar l’ús de mètodes avançats entre equips multidisciplinaris, fet que ha ajudat a fomentar la interacció entre la genètica, la salut ambiental i l'epidemiologia”, assenyala Juan Ramón González, cap del Grup de Bioinformàtica en Epidemiologia Genètica d'ISGlobal i coorganitzador del congrés. “Aquesta trobada ha representat una excel·lent oportunitat per continuar superant barreres entre disciplines i impulsar una ciència oberta, reproduïble i rellevant per a la salut global. També ha pogut servir per donar a conèixer noves aplicacions de Bioconductor en àmbits diversos i per inspirar noves col·laboracions que facin avançar la recerca translacional i oberta”, afegeix l’investigador.

Els dos dies abans del congrés (15 i 16 de setembre), el comitè de formació de Bioconductor, juntament amb el Departament de MELIS-UPF, ha organitzat dos cursos oberts a tot el públic (no només als assistents de la conferència). Han estat cursos d’anàlisi i interpretació de dades obtingudes de la seqüenciació d’ARN massiva, utilitzant el programari de Bioconductor. Ambdós s’han desenvolupat a l’edifici docent del campus del Mar i han comptat amb el segell de qualitat docent de ‘The Carpentries’. 

Sobre Bioconductor

El projecte Bioconductor va néixer l’any 2001 per desenvolupar i compartir programari de codi obert per analitzar dades biològiques de manera precisa i reproduïble. Un quart de segle més tard, aquest ecosistema s’ha convertit en un dels més utilitzats en l’anàlisi de dades biomèdiques i genòmiques, fins a arribar a acumular més de 50 milions de baixades del programari l’any 2024.

L’organització, sense ànim de lucre, fomenta la creació d’una comunitat inclusiva i col·laborativa de desenvolupadors i científics de dades i ho fa, entre d’altres, mitjançant trobades anuals a Europa, Àsia i Estats Units.

Sobre la conferència

La Conferència Europea de Bioconductor compta amb el suport de la European Bioconductor Society, Seqera, la fundació Chan Zuckerberg Initiative, els segells d’excel·lència María de Maeztu del Departament de MELIS-UPF (CEX2024-001431M) i Severo Ochoa de l’ISGlobal (CEX2023-001290S), R-consortium, BigOmics Analytics, MedBioInformatics i Physalia-courses.