Bioestadística i Gestió de Dades

La Unitat de Bioestadística i Gestió de Dades (UBIOES-DM) d’ISGlobal va iniciar la seva activitat l’any 1994 amb l’objectiu de proporcionar suport en dades als grups de recerca de l’Hospital Clínic de Barcelona i als seus col·laboradors.

L'equip de professionals ofereix assessorament, serveis i formació per donar resposta a les necessitats de gestió de dades i anàlisi estadística de projectes de recerca biomèdica, clínica o ambiental. Aquest suport cobreix tot el cicle de vida de les dades, des de la seva creació fins a la seva preservació i compartició, amb l’objectiu de transformar la informació en coneixement.

Per cobrir totes aquestes necessitats, la Unitat de Bioestadística i Gestió de Dades està formada per gestors de dades (data managers) i analistes de dades que proporcionen els serveis especialitzats que s'indiquen a sota.

Serveis

1. Gestió de dades

• Disseny i organització de dades
  • Assessorament i suport en la implementació de procediments de recollida i gestió de dades en projectes de recerca, seleccionant les eines i sistemes més adequats en cada cas, així com en el disseny de l’estudi
  • Amplia experiència en diferents eines i sistemes de captura i gestió de dades (sistemes EDC: Electronic Data Capture), com REDCap, LibreClinica, OpenClinica, KoboToolBox i ODK
  • Disseny de bases de dades, aplicacions i/o adaptacions necessàries per cobrir els requisits específics del projecte
  • Importació de dades des d’altres bases de dades o migració des d’altres sistemes
  • Establiment d’eines i protocols de recollida de dades (basats en GCDMP: Good Clinical Data Management Practices) i seguretat dels sistemes EDC
  • Suport, documentació i formació per a diferents perfils d’usuari de dades
  • Creació, revisió i millora de plans de gestió de dades (DMP)

• Processament de dades
  • Elaboració d’informes periòdics sobre el progrés de la introducció de dades
  • Control i monitoratge de la qualitat de les dades
  • Quadres de comandament i informes resum de dades
  • Definició de procediments de monitoratge de dades i suport en la seva implementació
  • Exportacions de dades personalitzades i tancament segur de projectes i dades

2. Curació i publicació de dades

• Estandardització i homogeneïtzació de conjunts de dades
• Adaptació de les dades als principis FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)
• Publicació de dades al repositori CORA o altres repositoris basats en Dataverse

3. Anàlisi de dades

• Servei d’assessorament
  • Càlcul de la mida mostral
  • Disseny estadístic del projecte de recerca
  • Redacció de la metodologia estadística per a sol·licituds de finançament
  • Redacció i revisió de la metodologia estadística per a publicacions científiques
  • Assessorament puntual en metodologia estadística
  • Elaboració del pla d’anàlisi estadística (SAP)
  • Aleatorització de participants en assaigs clínics

• Anàlisi estadística
  • Anàlisi descriptiva de dades
  • Modelització estadística
  • Tècniques d’aprenentatge automàtic
  • Visualització de dades

• Monitoratge de dades i seguretat (DSMB)
  • Generació d’informes d’avaluació estadística per a assaigs clínics
  • Gestió de la recollida de dades d’esdeveniments adversos
  • Assessorament estadístic independent per al grup de seguretat (DSMB)
  • Anàlisis estadístiques cegues o obertes per part del grup de seguretat (DSMB)

4. Formació

• Cursos curts (menys de 4 hores):
  • Estadística bàsica amb Stata
  • Regressió lineal amb Stata
  • Regressió logística amb Stata
  • Gestió de dades amb Excel (Excel no és una eina de gestió de dades)
  • Conceptes bàsics de gestió de dades en recerca i cicle de vida de les dades

• Curs d’estadística bàsica (part del màster en Salut Global UB / ISGlobal)

Equipament

• Aplicacions de captura i gestió de dades: REDCap, LibreClinica, OpenClinica, KoboToolBox, ODK
• Aplicacions de visualització i informes: R Shiny, R Markdown, Google Data Studio
• Programari estadístic: Stata, Stata MP, R, PASS
• Desenvolupament d’aplicacions: PHP, Python, Java, R Shiny
• Bases de dades: MySQL, MS Access, Google BigQuery, MongoDB
• Procediments ETL (Extract, Transform, Load) i disseny de pipelines d’extracció de dades

Aquest servei científic (core facility) s'integra a la plataforma CERCAGINYS.

Projectes seleccionats

• CaDMIA i CaDMIA+
  Validació de l’Autòpsia Mínimament Invasiva (MIA, per les seves sigles en anglès) com a eina per investigar les causes de mort en països en desenvolupament
  Entitat finançadora: Bill & Melinda Gates Foundation (2013-2015 i 2016-2018)
  Estat: Finalitzat
• The Mamah Project
  Entitat finançadora: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
  Estat: En curs
• BOHEMIA: Ivermectina per a la malària
  Entitat finançadora: Unitaid (OMS)
  Estat: En curs
• TIPTOP: Transforming Intermittent Preventive Treatment for Optimal Pregnancy
  Entitat finançadora: Unitaid (OMS)
  Estat: En curs
• ICARIA: Improving Care through Azithromycin Research for Infants in Africa
  Entitat finançadora: Bill & Melinda Gates Foundation; Fundació ”la Caixa”
  Estat: En execució
• MULTIPLY: MULTIple doses of IPTi Proposal: a Lifesaving high Yield intervention
  Entitat finançadora: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
  Estat: En execució
• ChagasLAMP: Validació en camp de Trypanosoma cruzi-LAMP: una prova molecular en el punt d’atenció per al control de la malaltia de Chagas congènita
  Entitat finançadora: Global Health Innovative Fund (GHIT)
  Estat: En execució
• TESEO: Nous règims de quimioteràpia i biomarcadors per a la malaltia de Chagas
  Entitat finançadora: U.S. National Institutes of Health (NIH)
  Estat: En execució
• MIBio: Identificació de la prematuritat i la preeclàmpsia com a causes de mortalitat
  Entitat finançadora: Bill & Melinda Gates Foundation
  Estat: Finalitzat
• MA-CoV: Salut materna i COVID-19
  Entitat finançadora: EU-European and Developing Countries Clinical Trials Partnership (EDCTP)
  Estat: Finalitzat
• SEROCOV: Seroprevalença d’anticossos contra el SARS-CoV-2 entre professionals sanitaris en un gran hospital de referència espanyol
  Entitat finançadora: Generalitat de Catalunya
  Estat: En execució
• MESA-Track: Base de dades dinàmica que recull projectes de recerca i carteres institucionals en eliminació i eradicació de la malària
  Entitat finançadora: Bill & Melinda Gates Foundation
  Estat: En execució

Publicacions seleccionades

• Khomenko S, Cirach M, Barrera-Gómez J, Pereira-Barboza E, Iungman T, Mueller N, Foraster M, Tonne C, Thondoo M, Jephcote C, Gulliver J, Woodcock J, Nieuwenhuijsen M. Impact of road traffic noise on annoyance and preventable mortality in European cities: a health impact assessment. Environ Int. 2022;162:107160. https://doi.org/10.1016/j.envint.2022.107160
• Koch S, Khomenko S, Cirach M, Ubalde-Lopez M, Baclet S, Daher C, Hidalgo L, Lõhmus M, Rizzuto D, Rumpler R, Susilo Y, Venkataraman S, Wegener S, Wellenius GA, Woodcock J, Nieuwenhuijsen M. Impacts of changes in environmental exposures and health behaviours due to the COVID-19 pandemic on cardiovascular and mental health: a comparison of Barcelona, Vienna, and Stockholm. Environ Pollut. 2022;119124. https://doi.org/10.1016/j.envpol.2022.119124
• Alemany S, Crous-Bou M, Vilor-Tejedor N, Milà-Alomà M, Suárez-Calvet M, Salvadó G, Cirach M, Arenaza-Urquijo EM, Sánchez-Benavides G, Grau-Rivera O, Minguillon C, Fauria K, Kollmorgen G, Domingo Gispert J, Gascon M, Nieuwenhuijsen M, Zetterberg H, Blennow K, Sunyer J, Molinuevo JL, ALFA Study. Associations between air pollution and biomarkers of Alzheimer’s disease in cognitively unimpaired individuals. Environ Int. 2021;157:106864. https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106864
• de Bont J, Hughes R, Tilling K, Díaz Y, de Castro M, Cirach M, Fossati S, Nieuwenhuijsen M, Duarte-Salles T, Vrijheid M. Early-life exposure to air pollution, green spaces and the built environment, and body mass index growth trajectories during the first 5 years of life: a large longitudinal study. Environ Pollut. 2020;266:115266. https://doi.org/10.1016/j.envpol.2020.115266
• Perelló J, Cigarini A, Vicens J, Bonhoure I, Rojas-Rueda D, Nieuwenhuijsen MJ, Cirach M, Daher C, Targa J, Ripoll A. Large-scale citizen science provides high-resolution nitrogen dioxide values and health impact while enhancing community knowledge and collective action. Sci Total Environ. 2021;789:147750. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.147750
• Fernandez-Barres S, Robinson O, Fossati S, Márquez S, Basagaña X, de Bont J, de Castro M, Donaire-González D, Maitre L, Nieuwenhuijsen M, Romaguera D, Urquiza J, Chatzi L, Iakovides M, Vafeiadi M, Grazuleviciene R, Dedele A, Andrusaityte S, Aasvang GM, Evandt J, Hjertager Krog N, Lepeule J, Heude B, Wright J, McEachan RRC, Sassi F, Vineis P, Vrijheid M. Urban environment and health behaviours in children from six European countries. Environ Int. 2022;165:107319. https://doi.org/10.1016/j.envint.2022.107319
• de Bont J, Márquez S, Fernandez-Barres S, Warembourg C, Koch S, Persavento C, Fochs S, Pey N, de Castro M, Fossati S, Nieuwenhuijsen M, Basagaña X, Casas M, Duarte-Salles T, Vrijheid M. Urban environment and obesity and weight-related behaviours in primary school children. Environ Int. 2021;155:106700. https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106700
• Grazuleviciene R, Hernandez-Ferrer C, Heude B, McEachan R, Mon-Williams M, Nieuwenhuijsen M, Robinson O, Sakhi AK, Sebastián-Gallés N, Slama R, Sunyer J, Tamayo-Uria I, Thomsen C, Urquiza J, Vafeiadi M, Wright J, Basagaña X, Vrijheid M. Early-life multiple exposures and child cognitive function: a multicentric birth cohort study in six European countries. Environ Pollut. 2021;284:117404. https://doi.org/10.1016/j.envpol.2021.117404
• Maitre L, Julvez J, Lopez-Vicente M, Warembourg C, Tamayo-Uria I, Philippat C, Gutzkow KB, Guxens M, Andrusaityte S, Basagaña X, Casas M, de Castro M, Chatzi L, Evandt J, González JR, Grazuleviciene R, Småstuen Haug L, Heude B, Hernandez-Ferrer C, Kampouri M, Manson D, Márquez S, McEachan R, Nieuwenhuijsen M, Robinson O, Slama R, Thomsen C, Urquiza J, Vafeiadi M, Wright J, Vrijheid M. Early-life environmental exposure determinants of child behaviour in Europe: a longitudinal, population-based study. Environ Int. 2021;153:106523. https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106523
• Granum B, Oftedal B, Agier L, Siroux V, Bird P, Casas M, Warembourg C, Wright J, Chatzi L, de Castro M, Donaire D, Grazuleviciene R, Småstuen Haug L, Maitre L, Robinson O, Tamayo-Uria I, Urquiza J, Nieuwenhuijsen M, Slama R, Thomsen C, Vrijheid M. Multiple environmental exposures in early life and allergy-related outcomes in childhood. Environ Int. 2020;144:106038. https://doi.org/10.1016/j.envint.2020.106038
• Vrijheid M, Fossati S, Maitre L, Márquez S, Roumeliotaki T, Agier L, Andrusaityte S, Cadiou S, Casas M, de Castro M, Dedele A, Donaire-González D, Grazuleviciene R, Haug LS, McEachan R, Meltzer HM, Papadopoulou E, Robinson O, Sakhi AK, Siroux V, Sunyer J, Schwarze PE, Tamayo-Uria I, Urquiza J, Vafeiadi M, Valentin A, Warembourg C, Wright J, Nieuwenhuijsen MJ, Thomsen C, Basagaña X, Slama R, Chatzi L. Early-life environmental exposures and childhood obesity: an exposome-wide approach. Environ Health Perspect. 2020;128(6):67009. https://doi.org/10.1289/EHP5975
• Agier L, Basagaña X, Hernandez-Ferrer C, Maitre L, Tamayo-Uria I, Urquiza J, Andrusaityte S, Casas M, de Castro M, Cequier E, Chatzi L, Donaire-González D, Giorgis-Allemand L, González JR, Grazuleviciene R, Gutzkow KB, Haug LS, Sakhi AK, McEachan RRC, Meltzer HM, Nieuwenhuijsen M, Robinson O, Roumeliotaki T, Sunyer J, Thomsen C, Vafeiadi M, Valentin A, West J, Wright J, Siroux V, Vrijheid M, Slama R. Association between the pregnancy exposome and fetal growth. Int J Epidemiol. 2020;49(2):572–586. https://doi.org/10.1093/ije/dyaa017